1. 環保審查及查核
中科管理局為維護園區之永續環境，透過實施總量管制及許可審查，掌握投資行為對園區整體的影響度，以符合環境影響評估書件內容及審查結論與承諾事項，後續則進行現場查核及追蹤，進一步要求園區廠商做好自主管理工作，共同維護園區環境品質。
中部科學園區是一個執行總量管制園區，欲進駐之事業在投資申請階段即須提出個別污染總量預估，正式進駐後核配總量若需增加，應再次申請變更，本局將視園區整體總量核配情形辦理准駁，並彙報所在地地方主管
為便利園區廠商環保許可申請，園區內採單一窗口機制辦理，本局自 2003 年起陸續向環境部申請委託辦理各園區許可審查業務，讓進駐園區之廠商可以快速取得生產所需之各項環保許可證文件。2022 至 2023 年共受理 338 件環保文件申請，通過案件共 319 件 ( 含 2021年申請於 2022 年或 2023 年通過 )，未通過案件係為退回廠商補正或案件尚於申請程序中。
2022 至 2023 年中科管理局共進行 465 件次之許可查核，以瞭解各事業單位是否確實履行許可內容，經本局查核發現與許可不符者，即發函要求事業進行改善並提送相關申請文件辦理許可異動或變更；另執行再利用機構之查核，由本局人員會同相關領域之專家學者協助進行查核作業，確保園區外之再利用機構妥善處理園區事業廢棄物，不讓外界認有污染環境之疑慮。
本局於夜間或假日進行園區廠商之煙道排氣抽測作業，透過環境部認證之合格檢測機構監測園區廠商所排放之廢氣是否符合法規規定，2022 至 2023 年檢測結果均符合相關規定。
本局設置免付費環保陳情專線 0800-777795，提供 24 小時專人接聽服務，並至現場進行巡查及處理作業，2022 至 2023 年共受理 13 件民眾陳情案，包含陳情空氣污染 7 件、噪音 4 件、水污染 1 件、廢棄物 1 件，本局於接獲陳情後均立即前往處理，2022 至 2023年之陳情案件均已結案。
2. 污水集中處理
中科各園區均已建置完善的雨水及污水分流下水道系統，園區事業污水納管率達100%，廢水均經污水處理廠妥善處理，符合國家放流水及環評加嚴標準後方予排放。雨水下水道系統除公共區域雨水收集，廠商於建廠時皆須設計雨水收集管線，並設置雨水排入口納入雨水下水道系統，排入園區滯洪池再匯入承受水體。本局亦定期排定各園區污水下水道系統採樣檢測計畫，瞭解系統狀況，確保其水質正常。
園區污水處理廠均為三級處理系統，採用標準活性污泥之生物處理單元 ( 臺中及后里污水廠採用 AO 生物除氮系統及虎尾污水廠採接觸曝氣法 )，並於後續單元加入化學混凝及物理過濾處理單元，以提升處理水質，減低對承受水體之影響。
中興園區營運廠商以研究實驗性質之產業為主，並無製程廢水產生。園區廠商實驗室廢水均委託合格廠商清運處理，生活污水則納入園區污水下水道，輸送至中正路污水處理廠妥善處理後排放。
3. 環境品質監測
為有效防制污染排放，使園區營運對環境的影響降至最低，中科管理局每年均依照環評書件中所載之環境監測計畫辦理各項環境監測，包含空氣品質、噪音振動、放流水水質、地面水質、地下水質、底泥、土壤、生態、交通量及文化資產等項目，2022 至 2023 年共計進行 4,338 點次。本局環境監測結果皆公開透明，發布於「中科園區環保資訊整合網」提供民眾瀏覽。
而為了進一步瞭解環評書件以外各項環境因子之現況，本局於 2022 至 2023 年增加補充監測部份項目，其中包含空氣品質、噪音振動、放流水水質、地面水質、地下水質等項目，2022 至 2023 年共增加進行 1,169 點次環境監測項目。
此外，為了提高監測數據之可信度，本局 2022 至 2023 年亦執行平行監測，其中包含一般空氣品質、酸鹼氣、異味、煙道檢測 ( 含夜間檢測 )、民井水質等項目，不定期進行同步檢測，確保監測數據品質；同時為瞭解廠商夜間排放情形，2022 至 2023 年會同環保監督小組委員 ( 當地里長 ) 共執行 6 次夜間煙道抽查檢測，檢測結果並無異常。希望透過不定期檢測，可以確實瞭解園區營運對環境之影響。